Abra a pasta DATA e procure pelo arquivo MUGEN.CFG e abra este arquivo.
Em seguida vc procura as linhas destinadas a configuração de video chamada [VIDEO WIN] e abaixo delas modifique os valores das linhas e opção para o que está abaixo (copie e cole os valores no local indicado, antes faça um backup do MUGEN.CFG para o caso de copiar errado):
Altere para:
Width =640
Height =480
Stretch =1
DXmode =hardware
Obs.: Nessa mesma sessão existem outras opções, só altere as que estão discriminadas neste tuto, ignore, mas não apague as demais.
Feito isso aproveite para jogar seu mugen em tela cheia.
_______________________________________________________
Fonte: Mugen Brasil
Portal 
